Wybuch II wojny światowej zapoczątkował najtragiczniejszy okres w dziejach miasta. Niemcy zajęli Nowy Sącz 6 września 1939 r. prawie natychmiast organizując aparat terroru na czele, którego stanął oprawca nr 1 na Sądecczyźnie Heinrich Hamann. Przygraniczne położenie Nowego Sącza i ziemi sądeckiej sprawiło, iż miasto w pierwszych miesiącach okupacji stało się ważnym ośrodkiem kuriersko-przerzutowym przez zieloną granicę na Słowację i Węgry, a także organizowania innych form oporu, łącznie z utworzeniem silnej partyzantki w ramach Inspektoratu AK.
Za okazywanie patriotycznej postawy mieszkańcy Sądecczyzny zostali potraktowani przez okupanta wyjątkowo bezwzględnie. Ocenia się, że w samym Nowym Sączu i w jego okolicach wymordowano blisko tysiąc osób, a do obozów śmierci wywieziono 2,5 tys. mieszkańców miasta. Osobne miejsce w tym tragicznym bilansie okupacyjnym zajmuje gehenna ludności żydowskiej, stanowiącej przed wojną trzecią część mieszkańców Nowego Sącza, prawie całkowicie wymordowanej na sądeckich miejscach kaźni i w obozach śmierci.
19 stycznia 1945 r. do Nowego Sącza weszły oddziały Armii Czerwonej, które to wydarzenie pozostawało w związku z wysadzeniem zamku królewskiego, gdzie Niemcy zgromadzili znaczne ilości amunicji i materiałów wybuchowych.
20 stycznia 1945, po trzydniowych walkach, do miasta wkroczyły jednostki 38 Armii gen. płk. Kiryła Moskalenki. Uchwałą Prezydium Krajowej Rady Narodowej z 6 września 1946 miasto Nowy Sącz zostało odznaczone Orderem Krzyża Grunwaldu III klasy za wydatny udział ludności w konspiracji w okresie okupacji.
W 1951 Nowy Sącz został uznany za miasto na prawach powiatu. W latach 1958-1975 miał miejsce tzw. „eksperyment sądecki” (program zainicjowany oddolnie przez lokalne władze powiatowe i wprowadzony w życie uchwałą Rady Ministrów PRL nr 151 z 9 maja 1958 roku w sprawie rozwoju gospodarczego powiatu nowosądeckiego i miasta Nowy Sącz oraz rozszerzenia uprawnień terenowych organów władzy państwowej na tym terenie W latach 1975-1998 był stolicą województwa nowosądeckiego. W wyniku reformy administracyjnej od 1 stycznia 1999 Nowy Sącz jest powiatem grodzkim, będąc jednocześnie siedzibą powiatu nowosądeckiego ziemskiego.
Niemiecka żandarmeria polowa w Nowym Sączu na wiosnę 1915 r.
W 1958 r. rozpoczęto realizację tzw. eksperymentu sądeckiego, którego założeniem była aktywizacja gospodarcza miasta i regionu w oparciu o lokalne walory przyrodniczo-krajobrazowe. Równie istotną decyzją było nadanie Nowemu Sączowi w 1975 r. statusu miasta wojewódzkiego, którym pozostawał do końca 1998 r.
Po okrągłym stole na początku 1989 roku, w trakcie którego zdecydowano m.in. o rozpisaniu częściowo wolnych wyborów, w Nowym Sączu w połowie kwietnia powstał Komitet Obywatelski „Solidarność” (na teren województwa nowosądeckiego). KO organizował m.in. prawybory kandydatów do częściowo wolnych wyborów do Sejmu (w części województwa obejmującej Nowy Sącz przypadał 1 mandat dla kandydata bezpartyjnego).
4. czerwca 1989 wynik wyborczy kandydatów Komitetu Obywatelskiego był nokautujący dla strony partyjno-rządowej. Senatorami zostali Zofia Kuratowska (ponad 230 tysięcy głosów co dało ponad 82 procent poparcia) i Krzysztof Pawłowski (ponad 205 tysięcy głosów). Jedyny kandydat KO „S” do Sejmu – Józef Jungiewicz – zdobył blisko 77-procentowe poparcie (ponad 131 tysięcy głosów). Pięciu pozostałych kandydatów, którzy z nadania partyjnego zdobyli mandaty, dostało łącznie mniej głosów niż sam Jungiewicz.
Dworzec kolejowy, początek XX wieku. Widok od frontu.
